A principios de la década de los 40 el fútbol empieza a tener presencia en la localidad, y se logra fundar un club con un equipo el 10 de febrero de 1942, fecha en la que nace el Almuñécar CF de la mano de Francisco Ruiz Jiménez y con jugadores como Joya, R. Díaz, J. Díaz, Maldonado, Quintana (veterano de los años treinta), Martín, Bustos, Ballesteros, Cabello, Canohia y Palillos.

El equipo no compite hasta la temporada 1951-52, como club adherido a la Delegación granadina de la Federación Andaluza, y participa en el Campeonato Provincial de 3ª Regional. Era una época difícil para el fútbol de Granada, que a pesar de tener a más de ochocientos jugadores federados (incluídos los juveniles), la carencia de campos de juego lastraba el desarrollo de las diferentes competiciones. Había jornadas en las que no se podía disputar ningún encuentro y en otras, con varios de ellos anunciados, sólo lo hacían uno o dos. En esta década de los 50 se mantiene en la citada categoría salvo las temporadas 53-54, 57-58 y 59-60, que no participa. En la temporada 1956-57 participó en la Copa de España de Aficionados, fase provincial, enfrentándose al CD Huéscar en la primera eliminatoria donde ganó 2-1 en casa y perdió 3-1 en la vuelta.